Một trong những vướng mắc trong quá trình thực hiện chế độ này là việc xử lý đối với những trường hợp bị dừng trợ cấp khi các địa phương tiến hành rà soát đối tượng chuyển sang hưởng trợ cấp theo Nghị định 54/2006/NĐ-CP. Theo báo cáo của 45 tỉnh, thành, đầu năm 2009, đã có 11.447 người hưởng trợ cấp chất độc hoá học theo Quyết định 120 bị dừng trợ cấp do không đủ điều kiện chuyển sang chế độ ưu đãi người có công, điển hình là các tỉnh Hải Phòng, Bắc Kạn, Hà Nội, Đắc Lắc.
Để xử lý vấn đề này, trong năm Bộ Lao động- Thương binh và Xã hội đã ban hành văn bản số 1932 về việc hướng dẫn rà soát lại toàn bộ 11.447 hồ sơ và giải quyết cho hưởng lại trợ cấp đối với các trường hợp: Đối tượng đủ điều kiện, tiêu chuẩn hưởng trợ cấp theo quy dịnh của văn bản có hiệu lực tại thời điểm lập hồ sơ; đối tượng bị mắc 1 trong 17 dạng bệnh theo Quyết định 09/2008 của Bộ trưởng Bộ Y tế. Để tạo điều kiện thuận lợi cho các địa phương trong quá trình thực hiện, Bộ cũng đã ban hành Thông tư 08 hướng dẫn về thủ tục, hồ sơ người hoạt động kháng chiến bị nhiễm chất độc hoá học.
Việc áp dụng danh mục bệnh, tật theo Quyết định 09/2008/QĐ-BYT đã đảm bảo cơ sở khoa học trong công tác xét duyệt hồ sơ chất độc hoá học, đáp ứng được nguyện vọng của đối tượng và được dư luận nhân dân đồng tình. Tuy nhiên, trong thời gian qua đã xuất hiện dấu hiệu tiêu cực trong việc lập hồ sơ bệnh án, giấy ra viện…để hưởng chế độ, dẫn dến số lượng hồ sơ kê khai, đề nghị giải quyết chế độ người hoạt động kháng chiến bị nhiễm chất độc hoá học có sự gia tăng đột biến.
Để kịp thời chấn chỉnh, ngăn ngừa các sai phạm, ngày 13/11/2009, Bộ trưởng Bộ Lao động- Thương binh và Xã hội đã có công văn gửi Chủ tịch UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương đề nghị chỉ đạo các cơ quan chức năng địa phương, đặc biệt là Sở Y tế, Sở Lao động- TBXH nâng cao trách nhiệm quản lý, phòng ngừa, ngăn chặn những tiêu cực phát sinh. Các cơ quan y tế có thẩm quyền phải thực hiện chặt chẽ, nghiêm túc quy trình khám, xác nhận và giám định bệnh cho đối tượng, đồng thời tăng cường kiểm tra, xử lý nghiêm đối với những cán bộ, công chức và các đối tượng có hành vi vi phạm trong việc lập hồ sơ hưởng trợ cấp của Nhà nước.
Song song với việc đề nghị các cơ quan y tế phối hợp ngăn ngừa tiêu cực, Bộ cũng yêu cầu các Sở Lao động- Thương binh và Xã hội chủ động thực hiện các giải pháp phòng ngừa trong việc xét duyệt hồ sơ đối tượng theo Thông tư 08, hạn chế các sai phạm nhưng vẫn đảm bảo quyền lợi cho đối tượng chính sách. Trước mắt, cần ưu tiên giải quyết các trường hợp sau:
- Đối tượng bị mắc bệnh hiểm nghèo (ung thư), sức khoẻ yếu. Những trường này, một số Sở Lao động Thương binh và Xã hội đã chủ động đề nghị Chủ tịch UBND tỉnh, Sở Y tế cho giám định đặc cách (mời Hội đồng Giám định Y khoa đến tận gia đình đối tượng để giám định).
- Đối tượng có hồ sơ bệnh án lập trước khi Thông tư 08 được ban hành, trong đó có thể hiện mắc một trong những bệnh quy định tại Quyết định 09/2008/QĐ-BYT.
- Đối với các trường hợp còn lại, các địa phương vẫn thực hiện xét duyệt hồ sơ nhưng cần thận trọng, thực hiện các biện pháp kiểm tra đối chiếu nếu thấy cần thiết để khẳng định tính chính sách trong hồ sơ y tế của đối tượng.